TargetScan数据库

TargetScan（http://www.targetscan.org/）是由美国MIT白头翁实验室（Whitehead Institute for Biomedical Research）开发的一种基因调控预测工具。

该工具通过对靶点RNA序列与真核生物3'UTR区域进行匹配，近似于选择翻译时期与验证高通量实验结果，预测某个microRNA（miRNA）可能调节的基因靶点。目前已经发布的版本包括TargetScan 7.2、TargetScan Human 7.2、TargetScan Mouse 7.2和TargetScan Fruit Fly 7.2。

与其他基因调控预测工具相比，TargetScan在以下方面具有优势：

1. 数据库更新迅速：与其他预测工具相比，TargetScan更新数据更快。这个特点很重要，因为许多研究人员都需要实时更新和分析数据。

2. 能准确地识别mRNA靶点：TargetScan利用不同的算法对mRNA靶点进行精确预测。这是由于该工具考虑了基因靶点与mRNA靶点之间的相互作用。

3. 提示用户关于miRNA靶点的信息：与其他预测工具相比，TargetScan对用户提供有关miRNA靶点的信息更详细。这个特性可以帮助研究人员更好地理解miRNA与基因调控之间的关系。

使用方法：

1. 进入TargetScan官网（http://www.targetscan.org/）。用户可以选择进入页面的Human、Mouse、Fly或Worms。

2. 选择搜索的基因。这可以通过在“名字”栏中输入名称实现。

3. 选择miRNA并分析预测。miRNA可以通过搜索发现，也可以通过输入名称或序列进行发现。用户可以在比较靶点的过程中选择不同的miRNA。

4. 进行比较和分析。可以将不同的miRNA靶点进行比较，并为每个miRNA显示预测的基因靶点。

案例说明：

1. 前列腺癌中miRNA调控的作用：Lin等人使用TargetScan数据库，研究了miRNA对前列腺癌细胞的调控作用，显示出miR-145和miR-205对前列腺癌的抑制效应。

2. 癌症中的miRNA和其靶点：Wang等人使用TargetScan确定了miR-1、miR-133a和miR-133b对癌细胞的抑制作用，并确定了这些miRNA的可能靶点和相关基因组之间的相互作用。

3. 研究miRNA与胰岛素抵抗的关系：Goguet-Rubio等人使用TargetScan预测可能与胰岛素抵抗有关的miRNA靶点，如miR-23b、miR-33a和miR-494等，并确定与多种细胞结构和生物过程相关的偏向性路径的基因。

4. 研究miRNA在心脏疾病中的作用：Lu等人利用TargetScan鉴定了在心脏疾病中调节的miRNA，从而揭示了miRNA与心脏疾病发生发展之间的关系，为疾病的治疗和预防提供了新的思路。

总之，TargetScan数据库是一个方便、可靠、快速进行miRNA靶点预测的工具，其广泛应用于生物学研究中，促进了研究人员对miRNA和其靶点的研究，并提供了新的思路和研究方向。

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